La Fraternité Sacerdotale Saint-Pierre a tenu une assemblée générale à Rome du 8 au 11 février 2000. Elle a été convoquée par le Saint-Siège à cause de certaines difficultés internes. A la fin de quatre jours de discussion et de réflexion un accord a été trouvé comme base de réconciliation qui permettra une unité plus grande.
Les prêtres et diacres présents se sont engagés à se pardonner les manquements à la charité et à rester fidèles à l’idéal de la Fraternité Saint-Pierre et de ses fondateurs. Un comité à nommer par le supérieur général sera chargé de trouver des solutions aux problèmes existants et en référera au chapitre général qui se réunira comme prévu au cours de cet été. Comme cela a été indiqué dans la lettre du 13 juillet 1999 de la Commission Pontificale Ecclesia Dei, le Supérieur général retrouve donc les pleines facultés que le droit de l’Eglise lui accorde.